反覆的陰道感染問題，常讓女性飽受困擾，然而，導致陰道菌叢失衡、反覆感染的主因，除了過度清潔與生活習慣外，抗生素的使用亦是關鍵因素。抗生素雖能有效殺滅病原菌，但其廣泛的殺菌作用，也可能同時清除陰道內原本扮演防護角色的益生菌，進而破壞原有的菌叢生態，為其他病原菌的滋生創造機會。
陰道內部天然存在著一套由乳酸桿菌等益生菌組成的「乳酸菌防護系統」，這套系統能分泌乳酸，維持陰道內部的弱酸性環境（pH值約在3.8至4.5之間），此環境不利於多數有害細菌和病原體的生長。然而，當女性因各種細菌感染（如呼吸道感染、泌尿道感染等）而服用抗生素時，這些藥物往往無法精準區分敵我，在殺滅致病菌的同時，也會大量清除陰道內的乳酸桿菌等益生菌。
一旦陰道內的益生菌數量大幅減少，原有的弱酸性保護屏障便會瓦解，pH值可能升高，使得原本受到抑制的有害細菌（如陰道加特納氏菌、念珠菌等）得以大量繁殖，這就可能引發細菌性陰道病或念珠菌陰道炎等感染。由於陰道菌叢的恢復需要時間，若在菌叢尚未恢復平衡的狀態下，又再次接觸到可能引發感染的誘因，或是身體免疫力下降，就容易導致感染一再復發，形成惡性循環。
除了抗生素的影響，反覆陰道感染的原因還包括治療未完全。部分女性可能因為症狀稍有緩解就自行停藥，未能徹底清除病原菌，導致殘存的病菌在身體狀況改變時再次活躍。此外，若伴侶未同時接受治療，也可能造成性行為間的交叉感染，使女性反覆感染，形成所謂的「乒乓球效應」。
影響陰道菌叢穩定的因素還包含免疫力的下降，例如長期熬夜、壓力過大，或是患有糖尿病等代謝性疾病，這些都會削弱身體抵抗力，使陰道更容易受到病原體侵襲。頻繁使用清潔劑或進行陰道灌洗，雖然是為了追求清潔，但實際上卻可能過度破壞陰道原有的菌相平衡，將有益菌一併沖走，反而增加感染的風險。
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