民眾透過手機申報綜合所得稅時，可選擇五種便利的繳稅方式，包括行動支付或電子支付帳戶、個人活期存款帳戶的委託轉帳繳稅、信用卡繳稅，以及適用於申請延期或分期繳納的現金或票據，最後則是自行前往自動櫃員機（ATM）操作。這些多元的繳稅選項旨在簡化申報流程，並配合不同民眾的資金調度和使用習慣。
行動支付與電子支付帳戶已成為現代人常用的支付方式，手機報稅亦整合此類管道。納稅義務人可直接透過綁定在手機上的行動支付App（如街口支付、LINE Pay等）或電子支付帳戶，快速完成稅款支付，無需額外操作轉帳或臨櫃繳納。
對於習慣使用銀行帳戶的民眾，委託轉帳繳稅提供了一項便捷的選擇。納稅義務人可授權國稅局從其指定的個人活期存款帳戶中扣款繳稅，只需在報稅系統中填寫相關銀行帳戶資訊，便可輕鬆完成委託，省去手動匯款的步驟。
信用卡繳稅同樣是常見的支付選項之一，民眾可選擇使用本人名下的信用卡進行繳納。此方式不僅能提供一定的繳稅彈性，部分信用卡也可能提供繳稅回饋或分期零利率等優惠，增加繳稅的附加價值。
考量到部分民眾可能面臨資金周轉壓力，手機報稅系統亦保留了現金或票據的繳稅方式，特別適用於已申請延期或分期繳納稅款的納稅人。雖然此方式仍需配合相關申請程序，但仍為特定情況下的民眾提供了彈性的解決方案。
自動櫃員機（ATM）繳稅則提供了一種實體操作的繳稅途徑。納稅義務人可在報稅完成後，攜帶相關繳款資訊，自行前往任一自動櫃員機，透過插入金融卡或使用其他認證方式，完成稅款的繳納。
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