在共同持有房屋的綜合所得稅申報實務中，房貸利息的扣除額原則上應按各所有權人對該房屋的持分比例進行分攤。這意味著，若房屋為兩人共同持有，且持分各占一半，則各自申報的房貸利息扣除額上限將是總支付利息的一半。申報時，納稅人需備妥相關證明文件，以釐清各方的權責與實際支付金額，避免重複申報或產生稅務爭議。
若納稅人與他人共同持有自用住宅，並就該房屋支付了購屋借款利息，則該利息扣除額應依據各所有權人對該房屋的持分比例來申報。舉例而言，若房屋由甲、乙兩人共同持有，持分各為50%，則甲、乙兩人各自申報的房貸利息扣除額，不得超過該年度支付總利息的50%。此一原則旨在確保稅務申報的公平性，避免一人獨享或多人重複申報同一項扣除額。
在共同持有房屋的情況下，申報房貸利息扣除額時，除了提供銀行開立的購屋借款利息證明外，還可能需要額外的文件來佐證各方的持分比例以及實際的資金流向。例如，房屋權狀影本、分攤協議書，或是能證明實際繳納利息的轉帳紀錄等，都可能成為稅務機關要求提供的證明資料。此外，共同持有者之間應事先協調好申報方式，明確各自的扣除額上限，以避免因申報方式不清而引發的稅務爭議。
為確保稅務申報的合規性，共同持有房屋的納稅人務必注意，同一筆房貸利息不得由多個納稅人重複申報。例如，若房屋由夫妻共同持有，且貸款由其中一方主要負責繳納，但兩人皆在申報時試圖將同一筆利息列為扣除額，此行為將可能被視為重複申報，面臨稅務機關的調整。因此，事先釐清並約定好利息扣除額的分攤方式，並據實申報，是避免潛在稅務風險的關鍵。
根據現行手機報稅系統的設計，部分扣除額項目，例如自用住宅購屋借款利息，可能不會自動帶入納稅人的所得資料中，需要納稅人主動切換至編輯模式，並匯入相關資料後才能完成申報。雖然此一情況並非專屬於共同持有房屋，但對於共同持有者而言，更需留意自身應申報的額度是否已正確填入，特別是當利息總額超過標準扣除額時，手動填寫的動作便顯得尤為重要，以免錯失節稅機會。
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